魔王终于被勇者打倒，世界恢复了从前的宁静，这样宁静的日子，一过就是15年。这一天，一位名叫风色琴音（井上穗乃花 配音）的女孩孤身一人来到上京，她的目的地，是一间名叫RPG的不动产中介，她要在这里工作。 性格天真烂漫，能够和亚人交流的弗雅（木野日菜 配音）、以成为神官为梦想而努力着的，表面看起来有些严厉，实际上内心非常可爱的露芙莉娅（川井田夏海 配音）、身为战士时所向披靡，可在不动产的工作能力却堪忧的拉琪拉（石见舞菜香 配音），等待着琴音到来的，是这些可靠又古灵精怪的前辈们。
安达樱（鬼头明里 配音）是学校里公认的不良少女，常常逃课偷懒。这一天，安达照例翘掉了无聊的体育课，却在体育馆二楼遇见了同样也翘了课的岛村抱月（伊藤美来 配音）。就这样，两个本来并不是太熟的女生开始了她们的交往，两人一起聊天、打保龄球、唱卡拉OK，她们都发现对方的身上有着和自己惊人相似的个性，喜好和对事物的看法也空前的一致。 随着时间的推移，安达发现自己的眼神总是不受控制的锁定在岛村的身上，后者的一举一动竟然能让自己脸红心跳芳心大动，安达明白，自己对岛村怀有的感情早已经超越了友谊。那么，对于两人的关系，岛村是怎么想的呢？
由于一次意外，篮球健将长谷川昂（梶裕贵 配音）所隶属的篮球部被暂停活动一年。失去了最心爱的篮球，小昂的生活开始浑浑噩噩起来。经过阿姨篁美星（伊藤静 配音）的介绍，失意的小昂成为了私立慧心学园小学部的篮球教练。当小学部的篮球教练有什么意思？！虽然心有抵触，但小昂还是上岗了。 经过了一段时间的训练，小昂曾经瞧不起的女子篮球队居然爆发出了惊人的势力。稳重大气的凑智花（花泽香菜 配音），活泼可爱的三沢真帆（井口裕香 配音），个性爽朗的永冢纱季（日笠阳子 配音），别看她们的身板单薄，但各个都有着出人意料的长项。小昂对于篮球的热情被重新激起了，他们的目标是——向县篮球大赛冠军进发！
POLYPHONICA是一个被称为“精灵”的生命也存在的异世界。与地球上存在的世界同属于平行世界，从地球被POLYPHONICA大陆传唤的人类也在这个世界生活。POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是，借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密，精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……
被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”，并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。然后，是各式各样把迷惑与决意藏于胸口，前进开拓着未来的人们。把互相重合的中世纪世界作为舞台，学生们在学园国家间的抗争正式上演了！
本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。 雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……
为了探望身患重病的母亲，海棠晴（森川智之 配音）从日本远赴加拿大，待到抵达之时才发现，母亲的病危只是谎言，自己所要面对的，是自己横空出世素不相识的弟弟海棠零（皆川纯子 配音）。悲惨的童年经历令零幼小的心灵伤痕累累，他桀骜孤僻，不相信任何人，也不服从任何管教。 温柔善良的 晴用无微不至的照顾渐渐融化了零内心里的坚冰，当暑假结束晴要返回日本之时，兄弟两人约定有朝一日要在日本相聚。之后，一场车祸夺走了晴的一切，包括他和零在一起的记忆，当零千里迢迢来到日本之时，出现在他眼前的，是已经忘记一切面目全非成为牛郎的晴。
这是，某个冬日的故事。 女高中生抚子刚从静冈搬家到山梨，为了观赏“绘制在千元纸币上的”富士山，骑着自行车来到本栖湖。但不巧天气是阴天，没能看到富士山，抚子累得当场躺下睡着了。当她醒过来的时候，时间已是深夜。在第一次到达的地方，早已忘记了回家的路途。一个爱好露营的女孩子凛，向不安胆怯的抚子伸出了援手。为了温暖冻僵的身体，两人点燃了篝火。噼啪噼啪的柴火爆音，在静寂的湖畔显得沁人心脾。围着篝火，抚子和凛一边捧着咖喱面一边对话。终于，两人期盼已久的瞬间到来了。 “看到了……富士山……” 抚子与凛，由两人的相遇而衍生的户外系girls story开始了。
《黑礁第二季》承接了第一季《黑礁》的故事内容，于2006年10月2日 - 12月18日在日本播出。
美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。 时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。
故事发生在名为“MERMAID”的人工岛上，处女守（井泽美香子 配音）被送往了这座小岛之上，却在刚刚登岛没多久就遭到了袭击，在生死攸关的紧要关头，一位名叫敷岛魅零（井口裕香 配音）的金发美少女登场，然而，敌人实在太过于强大，就算是魅零也渐渐感到力不从心，就在这节骨眼上，魅零竟然吻了守，让守不敢相信的是，自己竟然化身为了一柄长刀成为了魅零的武器，两人合作战胜了敌人。 原来，在岛上还生活着许许多多和守一样的人，个性大大咧咧的守财奴樱美凤（久保由利香 配音）、英俊潇洒的柊晶（芳野由奈 配音）、我行我素不受管制的莲实玲音（大西沙织 配音）等人，他们的共同目标只有一个，就是离开这座岛屿。
